Boa tarde, Thiago.
Seria por qual arquivo? Pois no sistema tem como importar as notas através de xml, chave de acesso, arquivo sped, entre outros.
Vou te enviar um link do nosso centro de aprendizagem que explica como realizar a importação de cada arquivo, ok?
Link: https://ajuda.alterdata.com.br/fiscalbase/tema-importadores-e-exportadores-37259281.html